第二季的故事紧接上一季日本自卫队仍在努力与国门之外的国家达成和平协议，而姚哈·杜西仍在试图说服伊丹洋二保护她的族人免受火龙的侵袭。伊丹的部队并未就此摆脱灾难，很快又被卷入战火之中。在「銀座事件」活躍的主角伊丹耀司，在事件後晉升為二等陸尉，率領偵察隊深入「特區」，結識了三位美少女魔法使、精靈、亞神。 垂涎「特區」利益的世界各國開始干涉自衛隊在「門」的另一邊的行動……而且對於姚的討伐炎龍委託，伊丹該怎麼辦呢？